Wichtigste Grundlage der FFH-Richtlinie ist die Berner Konvention. Außerdem setzt sie auch das Übereinkommen von Rio de Janeiro über die biologische Vielfalt (CBD) um.
Die Fauna-Flora-Habitat-Richtlinie hat zum Ziel, wildlebende Arten, deren Lebensräume und die europaweite Vernetzung dieser Lebensräume zu sichern und zu schützen. Die Vernetzung dient der Bewahrung, (Wieder-) Herstellung und Entwicklung ökologischer Wechselbeziehungen sowie der Förderung natürlicher Ausbreitungs- und Wiederbesiedlungsprozesse.^[1]
Auf Grundlage der FFH-Richtlinie wird ein kohärentes (zusammenhängendes) Netz von Schutzgebieten innerhalb der Europäischen Union (Natura 2000-Gebiete) errichtet. Die FFH-Gebiete bestehen aus den Lebensraumtypen des Anhangs I sowie aus den Habitaten der Arten des Anhangs II. Zu dem Natura 2000-Netz gehören außerdem die Vogelschutzgebiete laut der Vogelschutzrichtlinie (2009/147/EG).
Für die Regelungen zum Umgang mit gebietsfremden Arten und dem Schutz der natürlichen Lebensräume ist Artikel 22 der FFH-Richtlinie zu beachten.
Eine „[…] absichtliche Ansiedlung […] einer in ihrem Hoheitsgebiet nicht heimischen Art [in der Natur], soll so geregelt [werden], dass weder die natürlichen Lebensräume in ihrem natürlichen Verbreitungsgebiet noch die einheimischen wildlebenden Tier- und Pflanzenartengeschädigt werden […].“ (Artikel 22 b). Wenn es als notwendig erachtet wird, können die Mitgliedsstaaten diese Ansiedlung verbieten. Die Ergebnisse der Bewertungsstudien werden dem Habitat-Ausschuss zur Unterrichtung mitgeteilt.

^{[1] http://www.fauna-flora-habitatrichtlinie.de/}